El Shōchū es producido en todas partes de Japón pero la isla de Kyūshū se considera su cuna.
Se desconoce el origen exacto del shōchū. Originalmente, el alcohol con la gradación del shōchū fue llamado araki (arak) o en Japón rambiki (alembic); arak es el término genérico para una variedad de bebidas alcohólicas por todo el oriente medio. El Shōchū probablemente llegó por primera vez a Kyūshū y a Ryūkyū (Okinawa) desde Tailandia, o a la isla Iki desde Corea que lo adoptó de los Mongoles, quienes a su vez aprendieron el proceso de destilación de Persia. La bebida alcohólica de Okinawa conocida como Awamori.
Según lo que se puede inferir de los datos históricos japoneses, parece que el shōchū lleva elaborándose al menos desde el siglo XVI. Por ejemplo, cuando el misionero Francisco Javier visitó la Prefectura de Kagoshima en 1549, notó que "los japoneses beben arak hecho de arroz [...] pero no he visto a ningún borracho. Eso es porque se acuestan y se duermen inmediatamente después de emborracharse."
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| Shōchū grabado en el santuario Kōriyama Hachiman. A la derecha se muestra una versión más legible de japonés. Está firmado por dos carpinteros y fechado 11 de Agosto del segundo año del periodo Eiroku, i.e. 1559.2 3 |
Desde esos primeros tiempos hasta el período Edo se elaboraba en todo Japón de manera tradicional kasutori con una única pasada de destilación. En el período Meiji se importó maquinaria para destilación múltiple de Gran Bretaña, haciendo posible la producción en masa barata de shōchū de alta pureza durante un tiempo en el que había escasez permanente de arroz. Originalmente el shōchū hecho a la manera tradicional fue llamado "shōchū al estilo antiguo" y en el shōchū producido con la nueva maquinaria de destilación múltiple fue llamado "shōchū al estilo nuevo."
